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南粳46是江苏省农科院粮食作物研究所以日本优质粳稻关东194为父本，与江苏优质高产粳稻武香粳14杂交，经数代外观与食味品质筛选和条纹叶枯病抗性分子标记辅助选择培育而成的优质粳稻。2008年1月通过江苏省农作物品种委员会审定（苏审稻200814）。2009年通过上海市农作物品种委员会审定（沪农品审水稻（2009）第003号）。
该品种株高110cm左右，株型紧凑，分蘖性中等偏强，穗型较大，直立型穗。穗长15 cm左右，每穗总粒数140~150粒，结实率90%以上，千粒重25~26g。植株生长青秀，灌浆速度快，熟相较好。接种鉴定抗条纹叶枯病，中抗白叶枯病，感穗颈瘟和纹枯病。全生育期165天左右，属中熟晚粳类型，适合在江苏省苏南地区和上海市中上等肥力条件下种植。2006-2007年江苏省区域试验平均亩产608.3公斤，比对照武运粳7号增产5.6%。2007年江苏省生产试验，平均亩产590.6公斤，比对照武运粳7号增产3.0%。2007-2008年上海市区域试验平均亩产586.9公斤，比对照秀水110增产11.3%。2008年上海市生产试验，平均亩产589.7公斤，比对照秀水110号增产4.4%。
南粳46的突出优点是稻米品质优。据江苏省区域试验统一取样送农业部食品质量检测中心检测，整精米率66.8%，垩白粒率20.0%，垩白度2.4%，胶稠度83.0mm，直链淀粉含量15.0%，达到国标二级优质稻谷标准。南粳46综合了母本武香粳14号的香味和父本关东194的软米特性，米饭晶莹剔透，口感柔软滑润，富有弹性，冷而不硬，食味品质极佳，是江苏省稻米市场上公认的外观与食味品质俱佳的优质米品种。在2006年江苏省农科院系统优质粳稻新品种（系）食味品尝和2007年江苏省粳稻优质米食味品尝会上均获得第一名，被誉为江苏"最好吃大米"。2010年被评为全国“优质食味粳米”、“金奖大米”。
该品种于2007年申报国家植物新品种保护（申请号：20070298.X），2007年11月1日农业部《农业植物新品种保护公报》予以公告，公告号：CNA004059E。
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